La médersa fut durant quatre siècles un foyer d’accueil pour les étudiants dans diverses sciences, notamment en théologie. Elle disposait d’une centaines de chambres destinées aux étudiants non originaires de Marrakech.
On pénètre dans la médersa Ben Youssef par un long couloir qui débouche dans un vestibule, lequel ouvre sur le coté ouest de la grande cour. La cour rectangulaire est pavée de marbre et comporte un bassin en son centre. Son coté est, particulièrement décoré, comporte un porche ouvrant sur la salle de prière.
Deux galeries occupent toute la longueur des cotés sud et nord, s’ouvrant sur la cour sous cinq arches chacune. À l’opposé de la porte d’entrée, de l’autre côté du bassin rectangulaire, s’ouvre la salle de prières constituée de trois nefs délimitées par des piliers de marbre supportant des arcs aux façades ciselées de motifs d’ornementation. La nef centrale, plus haute que ses deux collatérales, est orientée vers le mur de Kibla donnant l’orientation de La Mecque, qui comporte en son centre la niche somptueusement décoré du Mirhab.
Les chambres des étudiants occupent les cotés ouest et est du bâtiment au rez-de-chaussée et à l’étage. Selon une disposition particulière à l’édifice, ces chambres rayonnent autour de petites cours intérieures. Ces cours comportent une galerie à l’étage; au nombre de trois dans chaque aile, elles constituent de ce fait 6 puits de lumière. Les chambres donnant sur les 6 cours ne sont éclairées que par de petites lucarnes ouvrant sur ces cours intérieures. A l’étage les dix chambres situées au-dessus des deux galeries disposent de fenêtres à moucharabieh donnant sur la cour principale.
Bien que de petite taille, les chambres pouvaient accueillir un ou plusieurs tolbas. Certaines disposaient de lits en mezzanine. Selon certains auteurs, la médersa aurait pu héberger jusqu’à 900 étudiants !!!
